Fyllingen Idrettslag ble stiftet 06.06 1946. Stiftelsesmøtet ble avholdt i Lars Romarheims kafe’ i Krohnegården.
1940 og 50 årene
I disse årene var det kun fotball og turn som var klubbens aktiviteter, fotballen holdt til i Nordnesdalen og turn i Ungdomshuset.
1960 og 70 årene
Fotballen flytter sin aktivitet til Varden i 1966.
Håndballgruppen blir opprettet 01.01 1969.
Håndball og turn hadde sine aktiviteter på skolene i Fyllingsdalen i påvente av bygging av idrettshall i bydelen.
Spede forsøk på å opprette friidrett- og orienteringsgruppe ble forsøkt, men det ble med forsøkene.
Da Fyllingsdalen idrettshall sto ferdig i begynnelsen på 70 tallet flyttet Håndballgruppen inn der.
1980 og 90 årene
I 1982 omorganiserte idrettslaget seg til at fotballgruppen, håndballgruppen, turngruppen og den nå nystartede volleyballgruppen fikk sine egne styrer og årsmøter, med ansvar for egen økonomi. Gruppelederne fikk styreplasser i Hovedstyret. Regnskapene måtte godkjennes på Idrettslagets årsmøter.
Hovedstyret og idrettslagets årsmøter var fremdeles idrettslagets øverste organ.
I november 1987 ble Klubbhuset på Varden innviet. April 1988 ble eierskapet av Klubbhuset overført til Stiftelsen Fyllingen Klubbhus.
I oktober 1989 rykket fotballen opp i øverste divisjon. Med norgesrekord i opprykk gjennom divisjonene fra 5 divisjon ble vunnet 1981.
Fotballen skulle snart få selskap av de andre gruppene. I begynnelsen av de glade 90 årene hadde Fyllingen IL eliteserielag i håndball og fotball menn samt volleyball kvinner.
Volleyball-laget ble klubbens første NM vinnere i 1994.
1994 ble Fyllingen Idrettslag (Allianse-Idrettslaget) dannet.
Gruppene ble nå selvstendige klubber i en allianse.
Klubbene i alliansen med sine «nye» navn var: Fyllingen Fotball, Fyllingen Håndball, Fyllingen Volley og Fyllingen Turn.
Til 50 års jubileet 06.06 1996 fikk Fyllingen tilsagn om en flerbrukshall i gave fra Frank Mohn as v/Trond Mohn. I august samme år ble eierskapet overført til Stiftelsen Fyllingen Idrettslags Idrettshall.
07.03 1998 ble hallen åpnet, navnet ble Framohallen.
2000 tallet
Selv om Løv-Ham de siste årene hadde tatt over det sportslige hegemoniet i Fyllingsdalen, var det fortsatt Fyllingen som mobiliserer størst støtte blant innbyggerne i dalen. Dette, kombinert med Løv-Hams svake økonomi og Fyllingens lange tilværelse i 2.divisjon, førte høsten 2007 til forhandlinger med Løv-Ham med sikte på å slå sammen fotballavdelingene i de to klubbene. Hvis dette hadde blitt en realitet var målet et budsjett på minimum 15 millioner, en fordobling i forhold til Løv-Hams budsjett i 2007. Hensikten var å skape en organisasjon og et navn som skape et stabilt toppfotballag, og som på sikt også kunne spille seg opp i Tippeligaen. Forsøket strandet da det ikke ble oppnådd tilstrekkelig flertall på det ekstraordinære årsmøtet i Fyllingen.
Høsten 2011 ble det på nytt forhandlinger om sammenslåing av klubbene. 28. september vedtok årsmøtene i begge klubbene sammenslåingen. Den nye klubben fikk navnet FK Fyllingsdalen og sammenslåingen ble satt i verk den 1. januar 2012.
Fyllingen Håndball tok seriegull i sesongen 2008/09 og deltok i gruppespillet i EHF Champions League i sesongen 2009/2010.
I 2010 tok laget sluttspillgull etter å ha slått Runar i finalen.
Elitesatsingen for herrer ble skilt ut fra Fyllingen Håndball, midtveis i 2010. Dette skjedde ved at Fyllingen Håndball Elite (kalt «FyllingenBergen») ble opprettet som egen klubb under Fyllingen Idrettslag alliansen.
Fyllingen Håndball Elite ble cupmester 2012 og cupmester 2013.
Fyllingen Håndball Elite gikk ut av alliansen i 2022 og gjenoppstod i det nyopprettede Idrettslaget Bergen Håndball. Bergen Håndball rykket ned til 1.divisjon etter sesongen 2022/23.
Etter sesongen 2022/23 rykket Fyllingen Håndball sitt herrelag og damelag begge opp til 1.divisjon.
Fridrettsgruppen ble opprettet 1.oktober 2014.
De har i dag 82 medlemmer fordelt på 3 partier (6-9 år, 10-12 år, og 13 år og oppover). Fyllingen friidrett har en utøver på rekrutteringslandslaget i sprint. I 2019 fikk Fyllingen friidrett sin første Ungdomsnorgesmester i lengde og på 100 meter hekk (G15).