Fyllingen Idrettslag ble stiftet 06.06 1946. Stiftelsesmøtet ble avholdt i Lars Romarheims kafe’ i Krohnegården.
1940 og 50 årene
I disse årene var det kun fotball og turn som var klubbens aktiviteter, fotballen holdt til i Nordnesdalen og turn i Ungdomshuset.
1960 og 70 årene
Fotballen flytter sin aktivitet til Varden i 1966.
Håndballgruppen blir opprettet 01.01 1969.
Håndball og turn hadde sine aktiviteter på skolene i Fyllingsdalen i påvente av bygging av idrettshall i bydelen.
Spede forsøk på å opprette friidrett- og orienteringsgruppe ble forsøkt, men det ble med forsøkene.
Da Fyllingsdalen idrettshall sto ferdig i begynnelsen på 70 tallet flyttet Håndballgruppen inn der.
1980 og 90 årene
I 1982 omorganiserte idrettslaget seg til at fotballgruppen, håndballgruppen, turngruppen og den nå nystartede volleyballgruppen fikk sine egne styrer og årsmøter, med ansvar for egen økonomi. Gruppelederne fikk styreplasser i Hovedstyret. Regnskapene måtte godkjennes på Idrettslagets årsmøter.
Hovedstyret og idrettslagets årsmøter var fremdeles idrettslagets øverste organ.
I november 1987 ble Klubbhuset på Varden innviet. April 1988 ble eierskapet av Klubbhuset overført til Stiftelsen Fyllingen Klubbhus.
I oktober 1989 rykket fotballen opp i øverste divisjon. Med norgesrekord i opprykk gjennom divisjonene fra 5 divisjon ble vunnet 1981.
Fotballen skulle snart få selskap av de andre gruppene. I begynnelsen av de glade 90 årene hadde Fyllingen IL eliteserielag i håndball og fotball menn samt volleyball kvinner.
Volleyball-laget ble klubbens første NM vinnere i 1994.
1994 ble Fyllingen Idrettslag (Allianse-Idrettslaget) dannet.
Gruppene ble nå selvstendige klubber i en allianse.
Klubbene i alliansen med sine «nye» navn var: Fyllingen Fotball, Fyllingen Håndball, Fyllingen Volley og Fyllingen Turn.
Til 50 års jubileet 06.06 1996 fikk Fyllingen tilsagn om en flerbrukshall i gave fra Frank Mohn as v/Trond Mohn. I august samme år ble eierskapet overført til Stiftelsen Fyllingen Idrettslags Idrettshall.
07.03 1998 ble hallen åpnet, navnet ble Framohallen.
2000 tallet
Selv om Løv-Ham de siste årene hadde tatt over det sportslige hegemoniet i Fyllingsdalen, var det fortsatt Fyllingen som mobiliserer størst støtte blant innbyggerne i dalen. Dette, kombinert med Løv-Hams svake økonomi og Fyllingens lange tilværelse i 2.divisjon, førte høsten 2007 til forhandlinger med Løv-Ham med sikte på å slå sammen fotballavdelingene i de to klubbene. Hvis dette hadde blitt en realitet var målet et budsjett på minimum 15 millioner, en fordobling i forhold til Løv-Hams budsjett i 2007. Hensikten var å skape en organisasjon og et navn som skape et stabilt toppfotballag, og som på sikt også kunne spille seg opp i Tippeligaen. Forsøket strandet da det ikke ble oppnådd tilstrekkelig flertall på det ekstraordinære årsmøtet i Fyllingen.
Høsten 2011 ble det på nytt forhandlinger om sammenslåing av klubbene. 28. september vedtok årsmøtene i begge klubbene sammenslåingen. Den nye klubben fikk navnet FK Fyllingsdalen og sammenslåingen ble satt i verk den 1. januar 2012.
Fyllingen Håndball tok seriegull i sesongen 2008/09 og deltok i gruppespillet i EHF Champions League i sesongen 2009/2010.
I 2010 tok laget sluttspillgull etter å ha slått Runar i finalen.
Elitesatsingen for herrer ble skilt ut fra Fyllingen Håndball Bredde, midtveis i 2010. Dette skjedde ved at Fyllingen Håndball Elite (kalt «FyllingenBergen») ble opprettet som egen klubb under Fyllingen Idrettslag alliansen.
Klubbens håndballag for kvinner spiller i 1.divisjon sesongen 2016/17.
Fridrettsgruppen ble opprettet 1.oktober 2014.
De har i dag 82 medlemmer fordelt på 3 partier (6-9 år, 10-12 år, og 13 år og oppover). Fyllingen friidrett har en utøver på rekrutteringslandslaget i sprint. I 2019 fikk Fyllingen friidrett sin første Ungdomsnorgesmester i lengde og på 100 meter hekk (G15).